国内微生物菌剂市场很有前景，因为长时间使用化肥，导致土壤失去平衡，土壤中有益菌缺乏，同时整个绿色有机食品生产要求，也需要一些生物类功能性菌类起到抗病抗虫的作用。所以说前景是广阔的，但是道路是曲折的，中国有机行业走了大约近20年，总是一哄而上，最后导致昙花一现。微生物菌剂也分高、中档、低档，做的也很多，但是比较乱。好产品不多，市场泥沙俱下，用户普遍接受是需要时间的，希望包治百病是不现实的。
菌衡量标准为“有效活菌数（cfu）”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，在国家标准中，对此均有详细的标定。对农用微生物菌剂产品的技术指标见表1，有机物料腐熟剂产品的技术指标按表2。
微生物菌剂是技术含量较高的精细化产品，它的使用相对而言更值得考究。尤其是推广人员，更应该把握好微生物菌剂的应用技术。如果技术推广人员，简单的随水冲施，灌根之类的，他的试验示范很可能事倍功半，大部分这样做的企业试验示范开始时看到效果，但后期就没什么区别了，因为并未切实了解微生物菌剂的作用条件和使用条件，包括他们推广不同方向的使用方式都是有差别的。

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